YzicoExploitations agricoles : ce qui va changer avec la facture électronique
Yzico
Facture électronique : ce qui va changer pour les exploitations agricoles
La réforme de la facture électronique va progressivement concerner toutes les entreprises, y compris les exploitations agricoles.
À partir de 2026, les agriculteurs devront être en capacité de recevoir des factures électroniques, puis progressivement d’en émettre dans leurs échanges professionnels. Dans le monde agricole, l’organisation de la facturation possède déjà certaines particularités : relations avec les coopératives, auto-facturation, facturation de production ou gestion d’activités annexes. Ces spécificités font que l’impact de la réforme peut varier selon le fonctionnement de chaque exploitation.
Chez Yzico, nous accompagnons les exploitants agricoles pour comprendre les évolutions de la réforme et organiser simplement leurs flux administratifs, en tenant compte des réalités du secteur agricole.
Les agriculteurs sont-ils concernées par la facture électronique ?
Dans la plupart des cas, oui. La réforme de la facture électronique concerne toutes les entreprises assujetties à la TVA et les échanges entre professionnels. Les exploitations agricoles sont donc concernées lorsqu’elles réalisent des transactions avec d’autres entreprises.
Cela peut concerner par exemple :
• la vente de production à une coopérative agricole
• la vente à un négociant ou transformateur
• les prestations agricoles entre exploitations
• les factures fournisseurs (matériel agricole, semences, intrants, services).
Certaines opérations agricoles restent toutefois hors du dispositif, notamment celles qui ne sont pas soumises à TVA comme certaines aides agricoles.
La réforme de la facture électronique va se déployer progressivement entre 2026 et 2027. Dans un premier temps, les exploitations agricoles devront être en capacité de recevoir des factures électroniques de leurs fournisseurs. Ensuite, elles devront progressivement émettre des factures électroniques pour leurs transactions professionnelles. Le calendrier ci-dessous permet aux exploitants agricoles d’adapter leur organisation administrative et leurs outils, tout en tenant compte des particularités du secteur agricole et des relations avec les coopératives, fournisseurs ou partenaires.
Exemples concrets dans une exploitation agricole
Dans le quotidien d’une exploitation, la facture électronique peut concerner différentes situations.
Par exemple :
– un éleveur qui vend sa production à une coopérative
– un agriculteur qui vend sa récolte à un négociant
– un producteur qui facture une prestation agricole à un autre exploitant
– l’achat de matériel agricole, semences ou produits phytosanitaires
– la facturation de certaines prestations agricoles ou services liés à l’exploitation
La réforme ne change pas la nature des échanges, mais la manière dont les factures circulent entre les acteurs.
=
Le calendrier pour les agriculteurs
-

À partir de septembre 2026
Mise en place de la réforme sur la réception des factures
Les exploitations agricoles devront être en capacité de recevoir des factures électroniques de leurs fournisseurs. Cela concerne par exemple :
• factures de matériel agricole ou d’équipements d’exploitation
• achats de semences, engrais ou intrants
• factures de services agricoles ou prestations techniques
• abonnements à des logiciels agricoles ou outils de gestion
• factures de maintenance, énergie ou télécommunications
-

Entre septembre 2026 et mi-2027
Phase d’adaptation
Une période d’adaptation pour organiser les flux administratifs entre votre exploitation et nos équipes. C’est le moment de sécuriser la manière dont les factures circulent :
• organisation des outils utilisés dans l’exploitation
• adaptation des pratiques administratives
• préparation de la prochaine étape de la réforme
-

À partir de septembre 2027
Mise en conformité pour émettre des factures au bon format
Les agriculteurs devront également émettre des factures électroniques lorsqu’ils réalisent des transactions avec d’autres professionnels. Par exemple :
• vente de production à une coopérative agricole
• vente à un négociant ou transformateur
• facturation de prestations agricoles à d’autres exploitations

1️⃣ Les agriculteurs sont-ils concernés par la facture électronique ?
Oui. Les exploitations agricoles sont concernées dès lors qu’elles réalisent des transactions avec d’autres professionnels (coopératives, négociants, fournisseurs, prestataires…). Comme toutes les entreprises assujetties à la TVA, elles devront progressivement recevoir puis émettre des factures électroniques.
2️⃣ La facture électronique concerne-t-elle les ventes à une coopérative ?
Oui. Lorsque vous vendez votre production à une coopérative agricole, la facture devra être transmise au format électronique. Dans certaines filières, la coopérative émet déjà la facture pour le compte de l’agriculteur. Cette pratique d’auto-facturation restera possible avec la réforme.
3️⃣ Les factures fournisseurs de l’exploitation sont-elles concernées ?
Oui. Les factures reçues de vos fournisseurs devront progressivement être transmises sous format électronique, par exemple pour :
– le matériel agricole
– les semences ou intrants
– les prestations agricoles
– les abonnements ou services liés à l’exploitation
4️⃣ Quel traitement pour les factures émises par des fournisseurs particuliers ?
Si l’opération entre dans le champ de la TVA, elle est soumise à facturation électronique : un particulier qui réalise des activités économiques habituelles est généralement assujetti à la TVA et, à ce titre, il émettra une facture électronique. Par exemple, les factures de fermage (location d’exploitation agricole) ou de production d’électricité photovoltaïque.
✓ Les locations de terres et bâtiments à usage agricole sont exonérés de TVA (article 261-D 1° du CGI) : les factures émises sont exclues du périmètre de la réforme et n’ont pas à être établies sous format électronique.
✓ S’agissant de l’installation photovoltaïque, 2 cas possibles :
• le particulier avec une installation photovoltaïque inférieure ou égale à 3 kWC : s’il ne dispose pas de numéro de SIREN, et que son installation est raccordée au réseau public d’électricité en deux points de raccordement maximum, alors il est exonéré de TVA ; il n’est pas concerné par la réforme et continuera à facturer sans TVA comme aujourd’hui.
• le particulier avec une installation photovoltaïque supérieure à 3 kWC : il a choisi d’être soit en régime microentreprise, soit au régime réel simplifié et dispose donc d’un numéro de SIREN; il est assujetti à la TVA, l’opération entre dans le champ de la réforme, elle est soumise à facturation électronique.
5️⃣ Les primes PAC sont-elles concernées par la facture électronique ?
Non. Les aides PAC ne sont pas soumises à la TVA et ne sont donc pas concernées par la facturation électronique.
6️⃣ Les acomptes sur récolte sont-ils concernés ?
Oui. Lorsqu’un acompte est versé avant la vente définitive d’une production agricole, cet acompte doit faire l’objet d’une facture. Avec la réforme, cette facture devra être émise sous format électronique.
7️⃣ Les exploitants au remboursement forfaitaire agricole (RFA) sont-ils concernés ?
Oui. Les exploitants bénéficiant du remboursement forfaitaire agricole restent assujettis à la TVA et sont donc concernés par la réforme pour leurs transactions professionnelles.
8️⃣ Les factures entre agriculteurs sont-elles concernées ?
Oui. Les prestations agricoles entre exploitations (travaux agricoles, prestations techniques, services agricoles…) devront également passer par la facturation électronique lorsqu’elles sont réalisées entre professionnels.
9️⃣ Que se passe-t-il pour les factures avec l’étranger ?
Les ventes ou achats avec des partenaires situés à l’étranger ne passent pas toujours par la facture électronique. Dans certains cas, les transactions devront simplement être déclarées via un système appelé e-reporting.
🔟 Faut-il changer de logiciel pour la facture électronique ?
Pas forcément. Dans certains cas, les outils existants peuvent évoluer pour intégrer la facturation électronique. Dans d’autres situations, une plateforme dédiée devra être utilisée pour transmettre les factures. L’objectif est surtout de structurer les flux administratifs de l’exploitation.
1️⃣1️⃣ Comment préparer son exploitation à la facture électronique ?
La meilleure approche consiste à :
– identifier les flux de facturation de l’exploitation
– vérifier les outils utilisés (logiciels agricoles, gestion administrative…)
– organiser la réception et l’émission des factures
Chez Yzico, nous accompagnons les exploitants agricoles pour anticiper la réforme et mettre en place une organisation simple et adaptée à leur activité.
Ces articles
pourraient vous plaire
-
La réforme de la facture électronique va progressivement concerner les structures qui réalisent des échanges économiques entre professionnels. Certaines associations peuvent donc être concernées, mais…
Lire la suite -
La réforme de la facture électronique va progressivement concerner toutes les entreprises, y compris les officines de pharmacie. Dans les pharmacies, une grande partie de…
Lire la suite -
La réforme de la facture électronique va progressivement concerner toutes les entreprises assujetties à la TVA et les échanges entre professionnels, y compris les professions…
Lire la suite
Voir tous les articles Pour toujours mieux vous accompagnerPréparer sereinement vos déclarations d’impôt
Découvrir YzicoAssociations : ce qui va changer avec la facture électronique
Yzico
Facture électronique : ce qui va changer pour les associations

La réforme de la facture électronique va progressivement concerner les structures qui réalisent des échanges économiques entre professionnels. Certaines associations peuvent donc être concernées, mais tout dépend de leur activité et de leur régime fiscal. On peut distinguer trois situations principales :
• Association à but non lucratif avec une activité uniquement non lucrative : Si l’association exerce uniquement des activités non lucratives (activités sportives, culturelles, sociales…), elle n’est pas concernée par la facture électronique, ni à l’émission ni à la réception.
• Association à but non lucratif avec une activité lucrative accessoire (moins de 80 011 € de chiffre d’affaires) : Certaines associations peuvent vendre des biens ou proposer des services de manière ponctuelle. Tant que le chiffre d’affaires de ces activités reste inférieur à 80 011 €, l’association demeure hors du champ du dispositif et n’a pas d’obligation particulière liée à la facture électronique.
• Association à but non lucratif avec une activité économique plus importante : Lorsque l’association exerce une activité lucrative significative, ou que le chiffre d’affaires dépasse 80 011 €, elle est alors concernée par la réforme et devra recevoir et émettre des factures électroniques.
Dans certains cas spécifiques (comme certaines associations exonérées de TVA), l’obligation peut concerner uniquement la réception des factures. L’enjeu pour les associations est donc surtout d’identifier leur situation afin de comprendre si la réforme aura un impact sur leur organisation administrative.
Les associations sont-elles concernées par la facture électronique ?
La réponse dépend de la situation de l’association. Une association est concernée lorsqu’elle :
– exerce une activité économique à but lucratif ou que son objet est commercial
– émet des factures pour des prestations ou des ventes
– réalise des transactions avec d’autres professionnels assujettis à la TVA situés en France
– dispose d’un activité lucrative fiscalisée, même si cela ne concerne qu’une partie de l’activité de l’association
En revanche, certaines associations peuvent ne pas être concernées si :
– elles ne réalisent pas d’activité économique, qu’elles sont à but non lucratif et que leur gestion est désintéressée
– elles sont à but non lucratif mais exercent des activités lucratives accessoires ne dépassent pas un certain seuil (80 011 € en 2025)
– leurs recettes proviennent uniquement de cotisations, subventions ou dons
Obligations selon la nature de l’activité
Pour plus de clarté, nous vous proposons le tableau récapitulatif ci-dessous, qui permet d’identifier les obligations liées à la facture électronique selon la nature de l’activité et le régime fiscal de l’association.
Le calendrier pour les associations
-

À partir de septembre 2026
Mise en place de la réforme sur la réception des factures
Les associations devront être capables de recevoir des factures électroniques de leurs fournisseurs, par exemple :
• factures de prestataires
• abonnements logiciels
• factures de services ou de fournisseurs
-

Entre septembre 2026 et mi-2027
Phase d’adaptation
Période d’adaptation pour organiser les flux administratifs et les outils. C’est le moment de structurer :
• les outils administratifs
• la gestion des factures fournisseurs
• l’organisation comptable
-

À partir de septembre 2027
Mise en conformité pour émettre des factures au bon format
Les associations concernées devront émettre des factures électroniques pour leurs prestations, par exemple :
• facturation de prestations à des entreprises
• prestations pour des collectivités
• facturation d’événements ou services
« Dans une association, la gestion administrative repose souvent sur quelques personnes très engagées : le président, le trésorier, parfois un salarié administratif ou un bénévole qui s’occupe des factures. La facture électronique ne change pas forcément qui fait quoi au quotidien. Elle permet surtout de structurer les échanges et de rendre la gestion plus claire et plus sécurisée. Il faut aussi être lucide : au début, la mise en place demande toujours quelques ajustements. Mais une fois les habitudes prises, cela peut réellement simplifier la gestion administrative et améliorer le suivi des dépenses et des recettes. L’enjeu est surtout de mettre en place une organisation adaptée au fonctionnement de chaque association. »
Frédéric MORELLI, Expert-comptable chez Yzico
Accompagne avec son équipe plus de 150 associations

1️⃣ Les associations sont-elles toutes concernées par la facture électronique ?
Non. Toutes les associations ne sont pas concernées de la même manière. Une association est concernée lorsqu’elle exerce une activité économique à but lucratif et réalise des transactions avec d’autres professionnels. Les associations qui fonctionnent uniquement avec cotisations, dons ou subventions peuvent être peu ou pas impactées par la réforme. Il est primordial dans un premier temps de déterminer la qualité d’assujetti à la TVA de l’association afin de déterminer les obligations qui peuvent en découler.
2️⃣ Les cotisations des adhérents sont-elles concernées ?
Les cotisations des membres ne sont pas considérées comme des factures et ne sont donc pas concernées par la facturation électronique, dès lors qu’elles correspondent uniquement au droit d’adhérer à l’association et qu’elles ne donnent lieu à aucune contrepartie individualisable.
3️⃣ Les dons et subventions sont-ils concernés ?
Non. Les dons, subventions publiques et mécénat ne sont pas soumis à TVA et ne relèvent pas de la facturation électronique.
4️⃣ Une association qui facture des prestations est-elle concernée ?
Oui, si l’association est considérée comme étant une entité assujettie à la TVA. Lorsqu’une association facture des prestations, formations, événements ou services à d’autres organisations, ces factures peuvent entrer dans le périmètre de la facturation électronique.
5️⃣ Les factures fournisseurs de l’association sont-elles concernées ?
Oui. À partir de septembre 2026, les associations considérées comme des assujetties à la TVA devront être capables de recevoir des factures électroniques de leurs fournisseurs (prestataires, services, abonnements, matériel, etc.).
6️⃣ Les associations qui vendent des produits sont-elles concernées ?
Oui, si l’association est considérée comme une assujettie à la TVA. Lorsqu’une association vend des produits (par exemple lors d’événements, de boutiques solidaires ou d’activités commerciales), les factures émises dans un cadre professionnel peuvent être concernées.
7️⃣ Les associations sportives ou culturelles sont-elles concernées ?
Cela dépend de leur activité et de leur qualité d’assujettie ou non à la TVA. Si l’association facture des prestations à des collectivités, entreprises ou partenaires, ces transactions peuvent entrer dans le périmètre de la réforme.
8️⃣ Qui doit gérer la facture électronique dans l’association ?
Dans la plupart des cas, la gestion administrative est assurée par le trésorier, un salarié administratif, ou un prestataire comptable. La facture électronique vise justement à simplifier et sécuriser la gestion des factures.
9️⃣ Faut-il changer de logiciel pour la facture électronique ?
Pas forcément. Certaines associations pourront continuer à utiliser leurs outils actuels si ceux-ci évoluent pour intégrer la facture électronique. Dans d’autres cas, une plateforme dédiée pourra être utilisée.
🔟 Comment préparer son association à la facture électronique ?
La première étape consiste à identifier les flux de facturation de l’association, analyser les outils utilisés pour la gestion administrative, organiser la réception et l’émission des factures. Chez Yzico, nous accompagnons les associations pour anticiper la réforme et mettre en place une organisation simple et adaptée à leur fonctionnement.
1️⃣1️⃣ Une association non concernée par la réforme peut-elle choisir de façon volontaire une Plateforme Agréée ?
Oui, une association non concernée par la réforme peut faire le choix d’émettre et de recevoir ses factures au format électronique. Dans ce cas, en tant que non assujettie à la TVA, elle n’apparaitra pas dans l’annuaire et devra obligatoirement communiquer l’adresse électronique de collecte de sa plateforme agréée à l’ensemble de ses fournisseurs et clients afin de pouvoir capter les flux.
Ces articles
pourraient vous plaire
-
Chez Yzico, nous accompagnons les exploitants agricoles pour comprendre les évolutions de la réforme et organiser simplement leurs flux administratifs, en tenant compte des réalités…
Lire la suite -
La réforme de la facture électronique va progressivement concerner toutes les entreprises, y compris les officines de pharmacie. Dans les pharmacies, une grande partie de…
Lire la suite -
La réforme de la facture électronique va progressivement concerner toutes les entreprises assujetties à la TVA et les échanges entre professionnels, y compris les professions…
Lire la suite
Voir tous les articles Pour toujours mieux vous accompagnerPréparer sereinement vos déclarations d’impôt
Découvrir YzicoPharmacies : ce qui va changer avec la facture électronique
Yzico
Facture électronique : ce qui va changer pour les pharmacies
La réforme de la facture électronique va progressivement concerner toutes les entreprises, y compris les officines de pharmacie. Dans les pharmacies, une grande partie de l’activité est déjà structurée grâce aux logiciels métiers, à la télétransmission et au tiers payant avec l’Assurance Maladie et les mutuelles.
Cela signifie que la facturation des médicaments remboursés ne sera pas directement impactée par la réforme. En revanche, la facture électronique peut concerner plusieurs flux administratifs et commerciaux de l’officine.
Chez Yzico, nous accompagnons près de 160 pharmacies dans le Grand Est et à Paris, et l’accompagnement s’étend aussi à anticiper la réforme et organiser simplement leurs flux de facturation.
Les pharmacies sont-elles concernées par la facture électronique ?
Les pharmacies sont des entreprises commerciales assujetties à la TVA. À ce titre, elles sont concernées par la réforme de la facture électronique pour leurs transactions entre professionnels. Cela peut surprendre, car une partie de l’activité d’une officine repose déjà sur des systèmes de transmission automatisés.
En réalité, tous les flux ne sont pas impactés de la même manière. Par exemple, certaines opérations restent en dehors du périmètre direct de la réforme :
– les flux avec l’Assurance Maladie
– les remboursements liés au tiers payant
– certaines opérations déjà gérées par les systèmes de télétransmission.
En revanche, la facture électronique peut concerner de nombreux flux administratifs et commerciaux de l’officine, notamment les échanges avec les fournisseurs ou certains partenaires professionnels.
L’enjeu pour les pharmacies est donc surtout d’identifier les flux réellement concernés afin d’anticiper les évolutions et adapter l’organisation administrative de l’officine.
Comprendre l’accompagnement Yzico dans la facture électronique en 2 minutes :
Les spécificités de la facture électronique dans une pharmacie
Le fonctionnement d’une officine possède certaines particularités qui influencent la mise en place de la facture électronique. Comprendre ces spécificités permet d’anticiper la réforme tout en tenant compte du fonctionnement quotidien d’une pharmacie.
➕ Les factures des répartiteurs pharmaceutiques : Dans une pharmacie, une grande partie des factures provient des répartiteurs pharmaceutiques qui approvisionnent l’officine en médicaments et produits de santé. Avec la réforme de la facture électronique, ces factures devront progressivement être transmises sous format électronique via une plateforme dédiée. Cela permettra notamment de :
• simplifier la gestion administrative
• centraliser les factures fournisseurs
• sécuriser les échanges de données comptables.
➕ Les flux liés au tiers payant : Une grande partie de l’activité d’une officine repose sur le tiers payant, avec des flux financiers liés à l’Assurance Maladie et aux mutuelles. Ces transmissions sont déjà gérées par des systèmes de télétransmission spécifiques au secteur de la santé. La réforme de la facture électronique ne modifie pas ces flux, qui continueront d’être traités par les systèmes existants.
➕ L’organisation administrative de l’officine : La gestion administrative d’une pharmacie comprend de nombreux flux : factures fournisseurs, gestion des achats, suivi des dépenses transmission des pièces comptables. La facture électronique peut être l’occasion de structurer et simplifier ces flux administratifs, en centralisant les factures et en facilitant leur traitement.
➕ Les logiciels métiers utilisés en pharmacie : Les pharmacies utilisent déjà des logiciels métiers spécialisés pour gérer l’activité de l’officine : gestion des stocks, facturation, télétransmission ou suivi administratif. Ces outils pourront évoluer pour intégrer les nouvelles obligations liées à la facture électronique ou se connecter aux plateformes de facturation.
L’objectif est de s’appuyer sur les outils existants pour faciliter la mise en place de la réforme.
Le calendrier pour les pharmacies
-

À partir de septembre 2026
Mise en place de la réforme sur la réception des factures
Les pharmacies devront être capables de recevoir des factures électroniques de leurs fournisseurs, par exemple :
• factures des répartiteurs pharmaceutiques
• achats auprès des laboratoires
• abonnements logiciels
• matériel ou équipements de l’officine
-

Entre septembre 2026 et mi-2027
Phase d’adaptation
Période d’adaptation pour organiser les flux administratifs et les outils. C’est le moment de structurer :
• les outils administratifs
• la gestion des factures fournisseurs
• l’organisation comptable
-

À partir de septembre 2027
Obligation progressive d’émettre des factures électroniques
Les pharmacies devront également émettre des factures électroniques pour leurs transactions professionnelles, par exemple :
• vente à une clinique ou un établissement de santé
• facturation à une collectivité ou entreprise
• certaines prestations professionnelles

1️⃣ Les pharmacies sont-elles vraiment concernées par la facture électronique ?
Oui, car une officine est une entreprise assujettie à la TVA. La réforme concerne donc les échanges entre professionnels (B2B).
2️⃣ À partir de quand la facture électronique devient-elle obligatoire ?
Le calendrier se fait en deux étapes :
– 1er septembre 2026 : obligation pour toutes les entreprises de recevoir des factures électroniques
– 1er septembre 2027 : obligation d’émettre des factures électroniques pour les PME et TPE, dont les pharmacies.
3️⃣ Quels flux de la pharmacie sont concernés ?
Principalement les factures fournisseurs (laboratoires, répartiteurs), les prestations facturées à d’autres professionnels de santé et les ventes B2B (EHPAD, cliniques, collectivités…).
4️⃣ Les flux avec l’Assurance Maladie ou le tiers payant sont-ils concernés ?
Pas directement dans la même logique, car ces flux passent déjà par des systèmes de télétransmission spécifiques.
5️⃣ Mon logiciel de gestion d’officine est-il compatible ?
Le logiciel de gestion d’officine jouera un rôle central dans la mise en place de la facture électronique. Dans la plupart des cas, les éditeurs de logiciels prévoient des évolutions ou des mises à jour pour intégrer ces nouvelles obligations. Cependant, chaque situation peut être différente selon les outils utilisés et l’organisation de l’officine.
Le rôle de nos équipes sera d’accompagner nos clients dans la compréhension de ces évolutions, d’identifier les solutions compatibles avec son organisation et de répondre aux questions liées aux outils et aux flux de facturation.
6️⃣ Devrai-je changer de logiciel ou de plateforme ?
Pas forcément. Dans beaucoup de cas le logiciel sera mis à jour par l’éditeur et/ une plateforme de dématérialisation sera connectée au logiciel.
7️⃣ Qu’est-ce que l’e-invoicing et l’e-reporting ?
– E-invoicing : facture électronique entre entreprises.
– E-reporting : transmission des données de transaction à l’administration, notamment pour toutes les ventes effectuées à destination des clients particuliers, des entreprises étrangères, d’entreprises non assujetties à la TVA, etc. Concrètement, le e-reporting consistera à transmettre, de façon périodique, certaines données de votre Z de caisse à l’administration fiscale.
🢒 Voir la vidéo explicative de Loïc
8️⃣ Vais-je devoir modifier mon organisation administrative ?
Souvent oui, notamment pour la réception des factures fournisseurs, l’archivage des factures et le suivi des flux administratifs.
9️⃣ La facture électronique va-t-elle simplifier la gestion de l’officine ?
Dans beaucoup de cas, oui. La facture électronique peut permettre de :
– réduire certaines tâches de saisie administrative
– structurer les flux de facturation
– améliorer le suivi des dépenses et des recettes.
Il faut toutefois garder en tête qu’il pourra y avoir une période d’adaptation au début, le temps de prendre en main les outils et d’ajuster l’organisation. Une fois ces nouvelles habitudes installées, la gestion devient généralement plus fluide, plus simple et plus lisible pour l’ensemble des personnes impliquées dans la gestion de l’officine.
🔟 Dois-je anticiper dès maintenant ?
Oui. Même si la réforme se met en place progressivement, toutes les entreprises devront être en mesure de recevoir des factures électroniques dès septembre 2026, puis d’en émettre à partir de septembre 2027. Pour les pharmacies, l’enjeu est surtout d’anticiper les évolutions et de comprendre les impacts sur l’organisation de l’officine.
Nous conseillons donc de rester attentif aux communications des équipes Yzico. Nous mettons régulièrement à disposition des webinaires, des ateliers et des contenus pédagogiques pour accompagner les pharmaciens et leur permettre d’anticiper au mieux les étapes de la réforme, que ce soit pour la première échéance de 2026 ou celle qui suivra en 2027.
Ces articles
pourraient vous plaire
-
Chez Yzico, nous accompagnons les exploitants agricoles pour comprendre les évolutions de la réforme et organiser simplement leurs flux administratifs, en tenant compte des réalités…
Lire la suite -
La réforme de la facture électronique va progressivement concerner les structures qui réalisent des échanges économiques entre professionnels. Certaines associations peuvent donc être concernées, mais…
Lire la suite -
La réforme de la facture électronique va progressivement concerner toutes les entreprises assujetties à la TVA et les échanges entre professionnels, y compris les professions…
Lire la suite
Voir tous les articles Pour toujours mieux vous accompagnerPréparer sereinement vos déclarations d’impôt
Découvrir YzicoProfessions de santé : ce qui va changer avec la facture électronique
Yzico
Facture électronique : ce qui va changer pour les professions de santé
La réforme de la facture électronique va progressivement concerner toutes les entreprises assujetties à la TVA et les échanges entre professionnels, y compris les professions de santé exerçant en libéral : médecins, infirmiers, kinésithérapeutes, orthophonistes, psychologues ou sages-femmes.
Dans de nombreux cabinets, la facturation des soins est déjà structurée via la carte Vitale, la télétransmission ou les logiciels métiers santé. Cela signifie que l’obligation de facture électronique ne concernera pas toujours directement l’activité principale. En revanche, la réforme peut avoir un impact sur l’organisation administrative du cabinet et certains flux spécifiques.
Chez Yzico, on considère que la facture électronique ne doit pas être vécue comme une contrainte supplémentaire. L’objectif est au contraire de simplifier l’organisation administrative du cabinet. Pour cela, on accompagne les professionnels de santé en trois étapes.
Les professions de santé sont-elles concernées ?
Oui, mais avec certaines particularités. Tous les assujettis à la TVA établis en France sont concernés par la réforme de la facturation électronique, qu’ils soient redevables ou non et ce, quelle que soit la forme juridique de leur activité. Les professionnels de santé sont ainsi concernés.
Beaucoup d’actes médicaux bénéficient d’une exonération de TVA. Dans ce cas, la facturation liée aux soins remboursés n’est pas concernée par l’obligation d’émission de facture électronique. Certaines professions sont concernées par l’intégralité de la réforme, leur activité étant intégralement assujettie à la TVA.
De manière plus générale, les professionnels de santé peuvent également être concernés par la facturation électronique pour certains flux, notamment lorsqu’ils réalisent des actes hors nomenclature. À titre d’exemple, un médecin peut être amené, en complément de son activité habituelle, à facturer des prestations d’expertise judiciaire. Ces prestations entrant dans le champ d’application de la TVA, elles sont soumises à l’obligation de facturation électronique. Une facture devra donc être émise au format électronique via une Plateforme Agréée.
Comprendre l’accompagnement Yzico dans la facture électronique en 2 minutes :
Comment Yzico accompagne les professions de santé
La mise en place de la facture électronique ne concerne pas seulement un outil ou une obligation réglementaire. Elle implique souvent une adaptation de l’organisation administrative du cabinet et des flux de facturation. L’objectif est de faciliter la circulation des factures entre le cabinet et la comptabilité, tout en sécurisant les obligations liées à la réforme.
Nos équipes accompagnent les professionnels de santé pour anticiper ces évolutions et structurer simplement leur fonctionnement, en tenant compte des spécificités de leur activité. Concrètement, cet accompagnement peut porter sur plusieurs aspects :
• la gestion des factures fournisseurs
• le réajustement de l’organisation administrative du cabinet
• la digitalisation des flux
• et la transmission des pièces en comptabilité
Nous accompagnons déjà de nombreux professionnels de santé pour faciliter la réforme et organiser leurs flux administratifs simplement.
Le calendrier pour les professions de santé
-

À partir de septembre 2026
Mise en place de la réforme sur la réception des factures
Les cabinets devront être en capacité de recevoir des factures électroniques de leurs fournisseurs. Cela concerne par exemple :
• abonnements à des logiciels médicaux
• factures de télétransmission ou logiciels métiers
• équipements médicaux ou matériel de cabinet
• abonnements téléphoniques ou internet
• honoraires de prestataires
-

Entre septembre 2026 et mi-2027
Phase d’adaptation
Une période d’adaptation pour repenser les flux administratifs entre votre nouvelle organisation et nos équipes.
C’est le moment de revoir la manière dont les factures circulent :
• connexion avec les outils utilisés au cabinet
• adaptation des pratiques administratives
• préparer la prochaine étape de la réforme
-

À partir de septembre 2027
Mise en conformité pour émettre des factures au bon format
Les professionnels de santé devront également émettre des factures électroniques conformes lorsqu’ils facturent d’autres professionnels. Certaines professions, notamment les pharmaciens, devront se soumettre à l’obligation de e-reporting pour les transactions effectuées avec des particuliers.
Par exemple :
• prestations facturées à une clinique ou à un établissement de santé
• facturation à une maison de santé ou un centre médical
• prestations réalisées pour une entreprise ou une organisation
Les 4 points essentiels à retenir…
1) Dès le 1er septembre 2026, l’obligation de réception des factures électroniques entrera en vigueur.
Vous êtes tous concernés.
2) Dès le 1er septembre 2027, l’obligation d’émettre des factures électronique entrera en vigueur.
3) Les actes de soins à la personne exonérés de TVA ne sont pas soumis à l’obligation de facturation électronique.
4) En revanche, pour toutes les autres opérations, hors soins à la personne, le professionnel de santé sera concerné :
– si l’opération est réalisée auprès d’un professionnel, l’émission de facture électronique est obligatoire.
Exemple : le professionnel de santé perçoit des redevances de contrat de collaboration.
– si l’acte est réalisé auprès d’un particulier, la facture peut rester non électronique mais le professionnel de santé devra déclarer les recettes à l’administration via sa plateforme agréée (PA).
Exemple : le professionnel réalise des actes esthétiques à finalité non thérapeutiques ou des actes hors nomenclature.
« La facture électronique est encore souvent perçue comme une contrainte. Pourtant, sur le terrain, dans notre pôle d’accompagnement dédié aux professionnels de santé, on voit qu’elle peut aussi devenir une vraie source d’opportunités. Elle permet de simplifier la gestion administrative, d’avoir une meilleure visibilité sur les flux de facturation et, au final, d’obtenir une vision beaucoup plus claire de la trésorerie. »
Médine Andic, Expert-comptable chez Yzico
Accompagne plus d’une centaine de professionnels de santé en libéral

1️⃣ Les professionnels de santé sont-ils concernés par la facture électronique ?
Oui, mais avec certaines particularités. La réforme concerne toutes les entreprises qui réalisent des échanges entre professionnels.
Les professions de santé exerçant en libéral peuvent donc être concernées pour certaines transactions.
En revanche, beaucoup d’actes médicaux sont exonérés de TVA, ce qui limite l’impact direct de la réforme sur la facturation des soins.
2️⃣ Les actes médicaux sont-ils concernés par la facture électronique ?
Dans la plupart des cas, non. Les consultations et soins médicaux réalisés par les médecins, infirmiers, kinésithérapeutes ou autres professionnels de santé sont généralement exonérés de TVA. Ils ne sont donc pas directement concernés par l’obligation d’émettre des factures électroniques.
3️⃣ Les professionnels de santé devront-ils recevoir des factures électroniques ?
Oui. À partir de septembre 2026, les cabinets devront être capables de recevoir des factures électroniques de leurs fournisseurs.
Cela concerne par exemple : les logiciels médicaux, les abonnements de télétransmission, le matériel médical, les prestations de services.
4️⃣ Les prestations facturées à une clinique ou à un établissement de santé sont-elles concernées ?
Oui. Lorsque des prestations sont facturées à une clinique, une maison de santé, un centre médical ou une entreprise, ces factures devront entrer dans le périmètre de la facturation électronique.
5️⃣ Les maisons de santé ou cabinets de groupe sont-ils concernés ?
Oui. Les structures regroupant plusieurs professionnels de santé peuvent être concernées par la réforme, notamment lorsqu’elles facturent des prestations entre professionnels ou à d’autres structures.
6️⃣ Les remplacements ou rétrocessions d’honoraires sont-ils concernés ?
Dans certains cas, oui. Lorsque des flux financiers existent entre professionnels de santé (remplacements, rétrocessions d’honoraires, prestations), ces transactions peuvent être concernées selon leur régime fiscal.
7️⃣ Les factures de matériel médical sont-elles concernées ?
Oui. Les factures reçues pour l’achat de matériel médical, les équipements du cabinet, les abonnements logiciels, les services administratifs devront progressivement être transmises sous format électronique.
8️⃣ Faut-il changer de logiciel médical pour la facture électronique ?
Pas forcément. Dans certains cas, les logiciels métiers santé pourront évoluer pour intégrer la facturation électronique. Dans d’autres situations, une plateforme de facturation électronique pourra être utilisée pour transmettre les factures.
9️⃣ La facture électronique va-t-elle modifier l’organisation administrative du cabinet ?
Elle peut effectivement faire évoluer certaines pratiques administratives, notamment pour la réception des factures fournisseurs ou certaines prestations facturées à d’autres structures. L’objectif est surtout de simplifier et sécuriser les flux administratifs.
🔟 Comment préparer son cabinet à la facture électronique ?
La première étape consiste à : identifier les flux de facturation du cabinet, analyser les outils utilisés et organiser la réception et la transmission des factures.
Ces articles
pourraient vous plaire
-
Chez Yzico, nous accompagnons les exploitants agricoles pour comprendre les évolutions de la réforme et organiser simplement leurs flux administratifs, en tenant compte des réalités…
Lire la suite -
La réforme de la facture électronique va progressivement concerner les structures qui réalisent des échanges économiques entre professionnels. Certaines associations peuvent donc être concernées, mais…
Lire la suite -
La réforme de la facture électronique va progressivement concerner toutes les entreprises, y compris les officines de pharmacie. Dans les pharmacies, une grande partie de…
Lire la suite
Voir tous les articles Pour toujours mieux vous accompagnerPréparer sereinement vos déclarations d’impôt
Découvrir YzicoUne solution de facturation
adaptée à votre activité
Yzico
Transformez vos devis en factures en un clic, accélérez et sécurisez les paiements.
Une solution de facturation au service de votre gestion d’entreprise !
Finie la corvée des devis, boostez votre activité sans perdre de temps ! Quelques clics suffisent pour créer un devis et l’envoyer à votre client.
Notre logiciel de facturation en ligne est une solution clé en main pour sécuriser, simplifier et améliorer les performances de toute votre chaîne de facturation.
Bien plus qu’un logiciel de facturation, une véritable solution de gestion.
Des indicateurs personnalisés pour générer vos devis, suivre vos factures et encaisser vos règlements pour un suivi tout au long de l’année.
Le parcours de facturation d’un entrepreneur

-

Une équipe dédiée sur tout le territoire
Entrepreneur, artisan, commerçant, profession libérale, TPE, PME, EI, association, etc., quel que soient votre taille et votre secteur d’activité nos experts disposant d’une expérience confirmée dans l’accompagnement à la transformation digitale assurent le coaching des dirigeants et managers.
-

Formation et suivi régulier selon vos objectifs
Nos équipes vous forment à l’utilisation des outils.
Nos solutions s’adaptent à votre activité, et non l’inverse. Nous paramétrons avec vous les outils et vous bénéficiez d’un suivi régulier.
-

Des solutions numériques agiles & adaptées
Notre accompagnement s’adapte à vos besoins et aux particularités de votre entreprise.
L’étendue de notre offre numérique vous fait bénéficier d’outils en ligne adaptés à votre taille d’entreprise mais peut également aller jusqu’au choix et au déploiement de logiciels de comptabilité générale ou analytique ou de systèmes d’informations intégrés de types ERP.
-

Hotline assurée par nos équipes
Vous bénéficiez d’un service d’assistance basé dans le Grand Est.
En utilisant nos outils, vous aurez un ensemble de supports disponibles et si besoin, d’une équipe réactive pour répondre à toutes vos interrogations.
Ces articles
pourraient vous plaire
-
Chez Yzico, nous accompagnons les exploitants agricoles pour comprendre les évolutions de la réforme et organiser simplement leurs flux administratifs, en tenant compte des réalités…
Lire la suite -
La réforme de la facture électronique va progressivement concerner les structures qui réalisent des échanges économiques entre professionnels. Certaines associations peuvent donc être concernées, mais…
Lire la suite -
La réforme de la facture électronique va progressivement concerner toutes les entreprises, y compris les officines de pharmacie. Dans les pharmacies, une grande partie de…
Lire la suite
Voir tous les articlesInscrivez-vous pour ne rien manquer de nos offres
Pour toujours mieux vous accompagnerPréparer sereinement vos déclarations d’impôt
Découvrir