Les professions de santé sont-elles concernées ?
Oui, mais avec certaines particularités. Tous les assujettis à la TVA établis en France sont concernés par la réforme de la facturation électronique, qu’ils soient redevables ou non et ce, quelle que soit la forme juridique de leur activité. Les professionnels de santé sont ainsi concernés.
Beaucoup d’actes médicaux bénéficient d’une exonération de TVA. Dans ce cas, la facturation liée aux soins remboursés n’est pas concernée par l’obligation d’émission de facture électronique. Certaines professions sont concernées par l’intégralité de la réforme, leur activité étant intégralement assujettie à la TVA.
De manière plus générale, les professionnels de santé peuvent également être concernés par la facturation électronique pour certains flux, notamment lorsqu’ils réalisent des actes hors nomenclature. À titre d’exemple, un médecin peut être amené, en complément de son activité habituelle, à facturer des prestations d’expertise judiciaire. Ces prestations entrant dans le champ d’application de la TVA, elles sont soumises à l’obligation de facturation électronique. Une facture devra donc être émise au format électronique via une Plateforme Agréée.
Comprendre l’accompagnement Yzico dans la facture électronique en 2 minutes :
Comment Yzico accompagne les professions de santé
La mise en place de la facture électronique ne concerne pas seulement un outil ou une obligation réglementaire. Elle implique souvent une adaptation de l’organisation administrative du cabinet et des flux de facturation. L’objectif est de faciliter la circulation des factures entre le cabinet et la comptabilité, tout en sécurisant les obligations liées à la réforme.
Nos équipes accompagnent les professionnels de santé pour anticiper ces évolutions et structurer simplement leur fonctionnement, en tenant compte des spécificités de leur activité. Concrètement, cet accompagnement peut porter sur plusieurs aspects :
• la gestion des factures fournisseurs
• le réajustement de l’organisation administrative du cabinet
• la digitalisation des flux
• et la transmission des pièces en comptabilité
Nous accompagnons déjà de nombreux professionnels de santé pour faciliter la réforme et organiser leurs flux administratifs simplement.
Les 4 points essentiels à retenir…
1) Dès le 1er septembre 2026, l’obligation de réception des factures électroniques entrera en vigueur.
Vous êtes tous concernés.
2) Dès le 1er septembre 2027, l’obligation d’émettre des factures électronique entrera en vigueur.
3) Les actes de soins à la personne exonérés de TVA ne sont pas soumis à l’obligation de facturation électronique.
4) En revanche, pour toutes les autres opérations, hors soins à la personne, le professionnel de santé sera concerné :
– si l’opération est réalisée auprès d’un professionnel, l’émission de facture électronique est obligatoire.
Exemple : le professionnel de santé perçoit des redevances de contrat de collaboration.
– si l’acte est réalisé auprès d’un particulier, la facture peut rester non électronique mais le professionnel de santé devra déclarer les recettes à l’administration via sa plateforme agréée (PA).
Exemple : le professionnel réalise des actes esthétiques à finalité non thérapeutiques ou des actes hors nomenclature.
« La facture électronique est encore souvent perçue comme une contrainte. Pourtant, sur le terrain, dans notre pôle d’accompagnement dédié aux professionnels de santé, on voit qu’elle peut aussi devenir une vraie source d’opportunités. Elle permet de simplifier la gestion administrative, d’avoir une meilleure visibilité sur les flux de facturation et, au final, d’obtenir une vision beaucoup plus claire de la trésorerie. »
Médine Andic, Expert-comptable chez Yzico
Accompagne plus d’une centaine de professionnels de santé en libéral
1️⃣ Les professionnels de santé sont-ils concernés par la facture électronique ?
Oui, mais avec certaines particularités. La réforme concerne toutes les entreprises qui réalisent des échanges entre professionnels.
Les professions de santé exerçant en libéral peuvent donc être concernées pour certaines transactions.
En revanche, beaucoup d’actes médicaux sont exonérés de TVA, ce qui limite l’impact direct de la réforme sur la facturation des soins.
2️⃣ Les actes médicaux sont-ils concernés par la facture électronique ?
Dans la plupart des cas, non. Les consultations et soins médicaux réalisés par les médecins, infirmiers, kinésithérapeutes ou autres professionnels de santé sont généralement exonérés de TVA. Ils ne sont donc pas directement concernés par l’obligation d’émettre des factures électroniques.
3️⃣ Les professionnels de santé devront-ils recevoir des factures électroniques ?
Oui. À partir de septembre 2026, les cabinets devront être capables de recevoir des factures électroniques de leurs fournisseurs.
Cela concerne par exemple : les logiciels médicaux, les abonnements de télétransmission, le matériel médical, les prestations de services.
4️⃣ Les prestations facturées à une clinique ou à un établissement de santé sont-elles concernées ?
Oui. Lorsque des prestations sont facturées à une clinique, une maison de santé, un centre médical ou une entreprise, ces factures devront entrer dans le périmètre de la facturation électronique.
5️⃣ Les maisons de santé ou cabinets de groupe sont-ils concernés ?
Oui. Les structures regroupant plusieurs professionnels de santé peuvent être concernées par la réforme, notamment lorsqu’elles facturent des prestations entre professionnels ou à d’autres structures.
6️⃣ Les remplacements ou rétrocessions d’honoraires sont-ils concernés ?
Dans certains cas, oui. Lorsque des flux financiers existent entre professionnels de santé (remplacements, rétrocessions d’honoraires, prestations), ces transactions peuvent être concernées selon leur régime fiscal.
7️⃣ Les factures de matériel médical sont-elles concernées ?
Oui. Les factures reçues pour l’achat de matériel médical, les équipements du cabinet, les abonnements logiciels, les services administratifs devront progressivement être transmises sous format électronique.
8️⃣ Faut-il changer de logiciel médical pour la facture électronique ?
Pas forcément. Dans certains cas, les logiciels métiers santé pourront évoluer pour intégrer la facturation électronique. Dans d’autres situations, une plateforme de facturation électronique pourra être utilisée pour transmettre les factures.
9️⃣ La facture électronique va-t-elle modifier l’organisation administrative du cabinet ?
Elle peut effectivement faire évoluer certaines pratiques administratives, notamment pour la réception des factures fournisseurs ou certaines prestations facturées à d’autres structures. L’objectif est surtout de simplifier et sécuriser les flux administratifs.
🔟 Comment préparer son cabinet à la facture électronique ?
La première étape consiste à : identifier les flux de facturation du cabinet, analyser les outils utilisés et organiser la réception et la transmission des factures.
