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Pharmacies : ce qui va changer avec la facture électronique

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Facture électronique : ce qui va changer pour les pharmacies

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La réforme de la facture électronique va progressivement concerner toutes les entreprises, y compris les officines de pharmacie. Dans les pharmacies, une grande partie de l’activité est déjà structurée grâce aux logiciels métiers, à la télétransmission et au tiers payant avec l’Assurance Maladie et les mutuelles.

Cela signifie que la facturation des médicaments remboursés ne sera pas directement impactée par la réforme. En revanche, la facture électronique peut concerner plusieurs flux administratifs et commerciaux de l’officine.

Chez Yzico, nous accompagnons près de 160 pharmacies dans le Grand Est et à Paris, et l’accompagnement s’étend aussi à anticiper la réforme et organiser simplement leurs flux de facturation.

Les pharmacies sont-elles concernées par la facture électronique ?

Les pharmacies sont des entreprises commerciales assujetties à la TVA. À ce titre, elles sont concernées par la réforme de la facture électronique pour leurs transactions entre professionnels. Cela peut surprendre, car une partie de l’activité d’une officine repose déjà sur des systèmes de transmission automatisés.

En réalité, tous les flux ne sont pas impactés de la même manière. Par exemple, certaines opérations restent en dehors du périmètre direct de la réforme :
– les flux avec l’Assurance Maladie
– les remboursements liés au tiers payant
– certaines opérations déjà gérées par les systèmes de télétransmission.

En revanche, la facture électronique peut concerner de nombreux flux administratifs et commerciaux de l’officine, notamment les échanges avec les fournisseurs ou certains partenaires professionnels.

L’enjeu pour les pharmacies est donc surtout d’identifier les flux réellement concernés afin d’anticiper les évolutions et adapter l’organisation administrative de l’officine.

 

Comprendre l’accompagnement Yzico dans la facture électronique en 2 minutes :

 

Les spécificités de la facture électronique dans une pharmacie

Le fonctionnement d’une officine possède certaines particularités qui influencent la mise en place de la facture électronique. Comprendre ces spécificités permet d’anticiper la réforme tout en tenant compte du fonctionnement quotidien d’une pharmacie.

➕ Les factures des répartiteurs pharmaceutiques : Dans une pharmacie, une grande partie des factures provient des répartiteurs pharmaceutiques qui approvisionnent l’officine en médicaments et produits de santé. Avec la réforme de la facture électronique, ces factures devront progressivement être transmises sous format électronique via une plateforme dédiée. Cela permettra notamment de :
• simplifier la gestion administrative
• centraliser les factures fournisseurs
• sécuriser les échanges de données comptables.

Les flux liés au tiers payant : Une grande partie de l’activité d’une officine repose sur le tiers payant, avec des flux financiers liés à l’Assurance Maladie et aux mutuelles. Ces transmissions sont déjà gérées par des systèmes de télétransmission spécifiques au secteur de la santé. La réforme de la facture électronique ne modifie pas ces flux, qui continueront d’être traités par les systèmes existants.

➕ L’organisation administrative de l’officine : La gestion administrative d’une pharmacie comprend de nombreux flux : factures fournisseurs, gestion des achats, suivi des dépenses transmission des pièces comptables. La facture électronique peut être l’occasion de structurer et simplifier ces flux administratifs, en centralisant les factures et en facilitant leur traitement.

Les logiciels métiers utilisés en pharmacie : Les pharmacies utilisent déjà des logiciels métiers spécialisés pour gérer l’activité de l’officine : gestion des stocks, facturation, télétransmission ou suivi administratif. Ces outils pourront évoluer pour intégrer les nouvelles obligations liées à la facture électronique ou se connecter aux plateformes de facturation.

L’objectif est de s’appuyer sur les outils existants pour faciliter la mise en place de la réforme.

Le calendrier pour les pharmacies

 

 

 

1️⃣ Les pharmacies sont-elles vraiment concernées par la facture électronique ?
Oui, car une officine est une entreprise assujettie à la TVA. La réforme concerne donc les échanges entre professionnels (B2B).

 

2️⃣ À partir de quand la facture électronique devient-elle obligatoire ?
Le calendrier se fait en deux étapes :
1er septembre 2026 : obligation pour toutes les entreprises de recevoir des factures électroniques
1er septembre 2027 : obligation d’émettre des factures électroniques pour les PME et TPE, dont les pharmacies.

 

3️⃣ Quels flux de la pharmacie sont concernés ?
Principalement les factures fournisseurs (laboratoires, répartiteurs), les prestations facturées à d’autres professionnels de santé et les ventes B2B (EHPAD, cliniques, collectivités…).

 

4️⃣ Les flux avec l’Assurance Maladie ou le tiers payant sont-ils concernés ?
Pas directement dans la même logique, car ces flux passent déjà par des systèmes de télétransmission spécifiques.

 

5️⃣ Mon logiciel de gestion d’officine est-il compatible ?
Le logiciel de gestion d’officine jouera un rôle central dans la mise en place de la facture électronique. Dans la plupart des cas, les éditeurs de logiciels prévoient des évolutions ou des mises à jour pour intégrer ces nouvelles obligations. Cependant, chaque situation peut être différente selon les outils utilisés et l’organisation de l’officine.
Le rôle de nos équipes sera d’accompagner nos clients dans la compréhension de ces évolutions, d’identifier les solutions compatibles avec son organisation et de répondre aux questions liées aux outils et aux flux de facturation.

 

6️⃣ Devrai-je changer de logiciel ou de plateforme ?
Pas forcément. Dans beaucoup de cas le logiciel sera mis à jour par l’éditeur et/ une plateforme de dématérialisation sera connectée au logiciel.

 

7️⃣ Qu’est-ce que l’e-invoicing et l’e-reporting ?
E-invoicing : facture électronique entre entreprises.
E-reporting : transmission des données de transaction à l’administration, notamment pour toutes les ventes effectuées à destination des clients particuliers, des entreprises étrangères, d’entreprises non assujetties à la TVA, etc. Concrètement, le e-reporting consistera à transmettre, de façon périodique, certaines données de votre Z de caisse à l’administration fiscale.
🢒 Voir la vidéo explicative de Loïc

 

8️⃣ Vais-je devoir modifier mon organisation administrative ?
Souvent oui, notamment pour la réception des factures fournisseurs, l’archivage des factures et le suivi des flux administratifs.

 

9️⃣ La facture électronique va-t-elle simplifier la gestion de l’officine ?
Dans beaucoup de cas, oui. La facture électronique peut permettre de :
– réduire certaines tâches de saisie administrative
structurer les flux de facturation
– améliorer le suivi des dépenses et des recettes.

Il faut toutefois garder en tête qu’il pourra y avoir une période d’adaptation au début, le temps de prendre en main les outils et d’ajuster l’organisation. Une fois ces nouvelles habitudes installées, la gestion devient généralement plus fluide, plus simple et plus lisible pour l’ensemble des personnes impliquées dans la gestion de l’officine.

 

🔟 Dois-je anticiper dès maintenant ?
Oui. Même si la réforme se met en place progressivement, toutes les entreprises devront être en mesure de recevoir des factures électroniques dès septembre 2026, puis d’en émettre à partir de septembre 2027. Pour les pharmacies, l’enjeu est surtout d’anticiper les évolutions et de comprendre les impacts sur l’organisation de l’officine.

 

Nous conseillons donc de rester attentif aux communications des équipes Yzico. Nous mettons régulièrement à disposition des webinaires, des ateliers et des contenus pédagogiques pour accompagner les pharmaciens et leur permettre d’anticiper au mieux les étapes de la réforme, que ce soit pour la première échéance de 2026 ou celle qui suivra en 2027.

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