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Exploitations agricoles : ce qui va changer avec la facture électronique

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Facture électronique : ce qui va changer pour les exploitations agricoles

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La réforme de la facture électronique va progressivement concerner toutes les entreprises, y compris les exploitations agricoles.

À partir de 2026, les agriculteurs devront être en capacité de recevoir des factures électroniques, puis progressivement d’en émettre dans leurs échanges professionnels. Dans le monde agricole, l’organisation de la facturation possède déjà certaines particularités : relations avec les coopératives, auto-facturation, facturation de production ou gestion d’activités annexes. Ces spécificités font que l’impact de la réforme peut varier selon le fonctionnement de chaque exploitation.

Chez Yzico, nous accompagnons les exploitants agricoles pour comprendre les évolutions de la réforme et organiser simplement leurs flux administratifs, en tenant compte des réalités du secteur agricole.

Les agriculteurs sont-ils concernées par la facture électronique ?

Dans la plupart des cas, oui. La réforme de la facture électronique concerne toutes les entreprises assujetties à la TVA et les échanges entre professionnels. Les exploitations agricoles sont donc concernées lorsqu’elles réalisent des transactions avec d’autres entreprises.

Cela peut concerner par exemple :
• la vente de production à une coopérative agricole
• la vente à un négociant ou transformateur
• les prestations agricoles entre exploitations
• les factures fournisseurs (matériel agricole, semences, intrants, services).

Certaines opérations agricoles restent toutefois hors du dispositif, notamment celles qui ne sont pas soumises à TVA comme certaines aides agricoles.

La réforme de la facture électronique va se déployer progressivement entre 2026 et 2027. Dans un premier temps, les exploitations agricoles devront être en capacité de recevoir des factures électroniques de leurs fournisseurs. Ensuite, elles devront progressivement émettre des factures électroniques pour leurs transactions professionnelles. Le calendrier ci-dessous permet aux exploitants agricoles d’adapter leur organisation administrative et leurs outils, tout en tenant compte des particularités du secteur agricole et des relations avec les coopératives, fournisseurs ou partenaires.

 

Exemples concrets dans une exploitation agricole

Dans le quotidien d’une exploitation, la facture électronique peut concerner différentes situations.

Par exemple :
– un éleveur qui vend sa production à une coopérative
– un agriculteur qui vend sa récolte à un négociant
– un producteur qui facture une prestation agricole à un autre exploitant
– l’achat de matériel agricole, semences ou produits phytosanitaires
– la facturation de certaines prestations agricoles ou services liés à l’exploitation

La réforme ne change pas la nature des échanges, mais la manière dont les factures circulent entre les acteurs.

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Le calendrier pour les agriculteurs

1️⃣ Les agriculteurs sont-ils concernés par la facture électronique ?
Oui. Les exploitations agricoles sont concernées dès lors qu’elles réalisent des transactions avec d’autres professionnels (coopératives, négociants, fournisseurs, prestataires…). Comme toutes les entreprises assujetties à la TVA, elles devront progressivement recevoir puis émettre des factures électroniques.

 

2️⃣ La facture électronique concerne-t-elle les ventes à une coopérative ?
Oui. Lorsque vous vendez votre production à une coopérative agricole, la facture devra être transmise au format électronique. Dans certaines filières, la coopérative émet déjà la facture pour le compte de l’agriculteur. Cette pratique d’auto-facturation restera possible avec la réforme.

 

3️⃣ Les factures fournisseurs de l’exploitation sont-elles concernées ?
Oui. Les factures reçues de vos fournisseurs devront progressivement être transmises sous format électronique, par exemple pour :
– le matériel agricole
– les semences ou intrants
– les prestations agricoles
– les abonnements ou services liés à l’exploitation

 

4️⃣ Quel traitement pour les factures émises par des fournisseurs particuliers ?

Si l’opération entre dans le champ de la TVA, elle est soumise à facturation électronique : un particulier qui réalise des activités économiques habituelles est généralement assujetti à la TVA et, à ce titre, il émettra une facture électronique. Par exemple, les factures de fermage (location d’exploitation agricole) ou de production d’électricité photovoltaïque.

Les locations de terres et bâtiments à usage agricole sont exonérés de TVA (article 261-D 1° du CGI) : les factures émises sont exclues du périmètre de la réforme et n’ont pas à être établies sous format électronique.

✓ S’agissant de l’installation photovoltaïque, 2 cas possibles :
• le particulier avec une installation photovoltaïque inférieure ou égale à 3 kWC : s’il ne dispose pas de numéro de SIREN, et que son installation est raccordée au réseau public d’électricité en deux points de raccordement maximum, alors il est exonéré de TVA ; il n’est pas concerné par la réforme et continuera à facturer sans TVA comme aujourd’hui.
• le particulier avec une installation photovoltaïque supérieure à 3 kWC : il a choisi d’être soit en régime microentreprise, soit au régime réel simplifié et dispose donc d’un numéro de SIREN; il est assujetti à la TVA, l’opération entre dans le champ de la réforme, elle est soumise à facturation électronique.
 

5️⃣ Les primes PAC sont-elles concernées par la facture électronique ?
Non. Les aides PAC ne sont pas soumises à la TVA et ne sont donc pas concernées par la facturation électronique.

 

6️⃣ Les acomptes sur récolte sont-ils concernés ?
Oui. Lorsqu’un acompte est versé avant la vente définitive d’une production agricole, cet acompte doit faire l’objet d’une facture. Avec la réforme, cette facture devra être émise sous format électronique.

 

7️⃣ Les exploitants au remboursement forfaitaire agricole (RFA) sont-ils concernés ?
Oui. Les exploitants bénéficiant du remboursement forfaitaire agricole restent assujettis à la TVA et sont donc concernés par la réforme pour leurs transactions professionnelles.

 

8️⃣ Les factures entre agriculteurs sont-elles concernées ?
Oui. Les prestations agricoles entre exploitations (travaux agricoles, prestations techniques, services agricoles…) devront également passer par la facturation électronique lorsqu’elles sont réalisées entre professionnels.

 

9️⃣ Que se passe-t-il pour les factures avec l’étranger ?
Les ventes ou achats avec des partenaires situés à l’étranger ne passent pas toujours par la facture électronique. Dans certains cas, les transactions devront simplement être déclarées via un système appelé e-reporting.

 

🔟 Faut-il changer de logiciel pour la facture électronique ?
Pas forcément. Dans certains cas, les outils existants peuvent évoluer pour intégrer la facturation électronique. Dans d’autres situations, une plateforme dédiée devra être utilisée pour transmettre les factures. L’objectif est surtout de structurer les flux administratifs de l’exploitation.

 

1️⃣1️⃣ Comment préparer son exploitation à la facture électronique ?
La meilleure approche consiste à :
– identifier les flux de facturation de l’exploitation
– vérifier les outils utilisés (logiciels agricoles, gestion administrative…)
– organiser la réception et l’émission des factures

Chez Yzico, nous accompagnons les exploitants agricoles pour anticiper la réforme et mettre en place une organisation simple et adaptée à leur activité.

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